Los órganos de la FEMPEX son: La Asamblea General y la Comisión Ejecutiva.
La Asamblea General es el órgano soberano de la Federación de Municipios y Provincias de Extremadura, la cual estará integrada por todos los socios titulares.
La Comisión Ejecutiva está integrada por:
La FEMPEX cuenta con un amplio nivel de representatividad en la Comunidad Autónoma de Extremadura, estando presente en todos los foros en los que se discuten cuestiones de interés municipal. En su seno están constituidas diferentes Comisiones de Trabajo, encargadas de la elaboración de estudios y formulación de propuesta sobre cuestiones directamente relacionadas con los fines de la Federación. Cada Comisión de Trabajo está presidida por un miembro de la Comisión Ejecutiva.
Don Manuel José González Andrade. PSOE. Alcalde de Olivenza (Badajoz).
Primera: Doña Almudena Domingo Pirrongelli. PP. Alcaldesa de Coria. (Cáceres).
Segunda: Doña Mónica Martín Sánchez. PSOE. Alcaldesa de Casillas de Coria. (Cáceres).
Tercero: Don Enrique Hueso Retamosa. PP. Alcalde de Navalmoral de la Mata. (Cáceres).
Cuarta: Doña Dolores María Enrique Jiménez. PSOE. Alcaldesa de Calamonte. (Badajoz).